Τους διαιτητές για τους ευρωπαϊκούς αγώνες όρισε η ΟΥΕΦΑ, με την πρώτη αναμέτρηση του ΑΠΟΕΛ με τη Φλόρα Ταλίν στο ΓΣΠ, να εποπτεύει ο Μάρκο Φριτζ.
Ο Γερμανός διαιτητής είχε διαιτητεύσει ξανά παιχνίδι της Ανόρθωσης με τη Λεβάντια εκτός έδρας για τον 2ο προκριματικό γύρο του Γιουρόπα Λιγκ το 2012/13, με την ομάδα της Αμμοχώστου να κερδίζει στο τέλος 3-1.
Αναλυτικά οι διαιτητές της αναμέτρησης:
APOEL FC (CYP) – FC Flora Tallinn (EST)
Referee: Marco Fritz (GER)
Assistant Referee 1: Marco Achmüller (GER)
Assistant Referee 2: Dominik Schaal (GER)
Fourth Official: Martin Petersen (GER)
UEFA Referee Observer: Lucílio Cardoso Cortez Batista (POR)
UEFA Delegate: István Huszár (HUN)
